Margaret dilahirkan di Lincolnshire, England kepada Alfred Roberts, seorang pemilik kedai runcit serta ahli majlis perbandaran (sehingga 1952). Beliau belajar sekolah menengah di Kesteven dan kemudian mengambil kursus kimia di Kolej Somerville, Universiti Oxford pada tahun 1944. Beliau memperoleh ijazah kelas kedua, dan bertugas sebagai penyelidik kimia di sektor swasta.

Dalam pilihan raya umum pada tahun 1950 dan 1951, Margaret bertanding di Dartford yang merupakan kawasan kuat Parti Buruh yang menjadikannya calon wanita Parti Konservatif yang paling muda ketika itu. Semasa beliau aktif dalam Parti Konservatif di Kent, beliau bertemu dengan Sir Denis Thatcher, seorang usahawan yang kaya, dan mereka berkahwin pada tahun 1951. Margaret kemudian menyertai kursus undang-undang dan memperoleh ijazahnya pada tahun 1953 ketika berumur 28 tahun, iaitu tahun yang beliau melahirkan Carol dan Mark, anak-anak kembarnya.